Garder une longueur d’avance face au ToBRFV

Les virus évoluent rapidement — et la sélection variétale doit suivre le même rythme. Dans cet entretien, Frank Millenaar, spécialiste en pré‑sélection tomate, et Marco Mammella, phytopathologiste principal, expliquent comment la prochaine génération de variétés de tomates résistantes au ToBRFV est en cours de développement - et ce que ces avancées concrètes apportent aux producteurs du monde entier.

Frank, Marco – quelle est la principale innovation que les producteurs peuvent attendre de la prochaine génération de variétés résistantes au ToBRFV ?

Frank :
L’innovation majeure réside dans l’intégration de trois gènes de résistance au sein d’une même variété. Jusqu’à présent, la plupart des variétés commerciales reposaient sur un ou deux gènes. Passer à trois marque une avancée significative en termes de robustesse génétique. Ce niveau de résistance pourrait constituer une première en sélection commerciale pour le ToBRFV, positionnant ces variétés à l’avant-garde de la protection génétique.

Marco :
Ce qui rend cette approche particulièrement efficace, c’est la complémentarité fonctionnelle des gènes. Chacun agit comme une barrière distincte, obligeant le virus à contourner simultanément plusieurs mécanismes indépendants. D’un point de vue biologique, cela réduit fortement le risque de contournement de la résistance.

Frank :
Avec un seul gène, le virus peut s’adapter relativement vite. Avec deux, la barrière devient nettement plus élevée. Avec trois gènes, on franchit un cap : la résistance gagne en durabilité et en stabilité, même dans des conditions environnementales et sanitaires variées.
Pour les producteurs, cela signifie une sécurité accrue, notamment en cas de forte pression virale et dans différents contextes de production.

Pourquoi une résistance aussi élevée est-elle nécessaire ? Les variétés résistantes n’existent-elles pas déjà ?

Marco :
La résistance n’est jamais définitive. C’est un processus dynamique. Les virus à ARN, comme le ToBRFV, présentent des taux de mutation très élevés, ce qui leur permet de générer en permanence de nouveaux variants. Dès qu’une variété résistante est largement déployée, la population virale commence à évoluer pour s’y adapter.
C’est pourquoi une innovation ponctuelle ne suffit pas : nous devons innover en continu pour garder une longueur d’avance sur le pathogène.

Frank :
C’est une véritable course permanente. Et aujourd’hui, elle s’accélère encore sous l’effet de la mondialisation des échanges, des systèmes de multiplication et de la circulation rapide du matériel végétal. Une nouvelle souche apparue dans une région de production peut désormais se diffuser à l’échelle internationale en très peu de temps.

Quels sont les risques pour les producteurs si la sélection ne suit pas ces évolutions ?

Frank :
Le principal risque est la perte d’efficacité des résistances. Lorsqu’elles sont contournées, les plantes redeviennent sensibles, ce qui peut entraîner des baisses de rendement, une dégradation de la qualité des fruits et une propagation rapide du virus en serre.

De plus, le ToBRFV se transmet très facilement de manière mécanique — via les outils, les mains ou les manipulations des plants — ce qui rend son contrôle particulièrement difficile une fois installé. Dans ce contexte, la résistance génétique reste l’un des moyens de protection les plus fiables et les plus efficaces à disposition des producteurs.

Y a-t-il d’autres facteurs qui complexifient aujourd’hui la sélection de variétés résistantes ?

Frank :
La température est un facteur déterminant. Certains mécanismes de résistance peuvent perdre en efficacité en conditions de chaleur élevée, notamment au‑delà de 30 °C. C’est pourquoi l’empilement de plusieurs gènes de résistance est essentiel : il apporte une sécurité supplémentaire, même dans des conditions de stress importantes.

Marco :
Le changement climatique accentue encore cette complexité. Les plantes sont soumises à des stress abiotiques plus importants, ce qui peut affaiblir leurs capacités de défense. Parallèlement, les virus peuvent évoluer plus rapidement dans des environnements instables, ce qui renforce le défi pour la sélection.

D’où proviennent réellement ces gènes de résistance ?

Frank :
La plupart des gènes de résistance issus de nos programmes proviennent d’espèces de tomates sauvages. Ces ressources génétiques précieuses ont été collectées et conservées pendant des décennies dans des banques de germoplasme.

Lorsqu’une source de résistance prometteuse est identifiée, nous en validons d’abord la stabilité et analysons précisément sa base génétique. Cela passe par la création de populations ségrégantes, la cartographie de la résistance sur des régions chromosomiques spécifiques, ainsi que le développement de marqueurs moléculaires. À elle seule, cette phase peut nécessiter un à deux ans, avant même le démarrage des travaux de sélection à proprement parler.

Comment transposez-vous ces avancées dans une variété commerciale ?

Frank :
Une fois le gène de résistance identifié, nous l’introduisons dans du matériel génétique d’élite. Pour cela, nous croisons des sources issues d’espèces sauvages avec des lignées commerciales performantes, puis sélectionnons les descendants capables de combiner résistance et qualités clés, telles que le rendement, le goût, la conservation ou encore la qualité des fruits.

Ce processus repose sur des cycles répétés de croisements et de sélection. L’objectif est de retrouver un profil génétique très proche de l’élite — idéalement près de 100 % — tout en conservant une portion limitée du génome portant la résistance. Si ce segment est trop étendu, il peut en effet impacter négativement la performance agronomique ou la qualité du produit final.

Marco :
En parallèle, nous validons la résistance dans différentes conditions, à la fois en environnements contrôlés et en conditions réelles. Cela inclut l’exposition à divers isolats du virus et à différents contextes de culture, afin de garantir une efficacité large et durable.

Compte tenu de la durée du processus, comment suivez-vous l’évolution rapide du virus ?

Marco :
La sélection variétale est un processus continu, et non linéaire. Tandis qu’une génération de variétés se rapproche de la commercialisation, la suivante est déjà en développement. En parallèle, nous surveillons activement les populations virales sur le terrain : nous analysons leurs séquences génétiques et suivons les dynamiques épidémiologiques selon les régions. Cette approche nous permet d’anticiper les évolutions du virus, plutôt que de simplement y réagir.

Quel rôle jouent les technologies modernes dans l’accélération de la sélection ?

Frank :
Les marqueurs moléculaires jouent un rôle essentiel. Dès que la position génétique d’un gène de résistance est identifiée, nous pouvons le suivre directement au niveau de l’ADN. Cela nous permet de sélectionner les plantes dès le stade des jeunes plants, sans attendre leur développement complet ni recourir à des tests d’infection.

Résultat : des cycles de sélection nettement plus rapides et une précision accrue. Sans ces outils, l’empilement efficace de plusieurs gènes de résistance serait quasiment impossible.

Tous les producteurs auront-ils besoin de ces nouvelles variétés à trois gènes ?

Frank :
Pas nécessairement. Tout dépend du niveau de pression du ToBRFV et du contexte de production. Dans les régions où l’incidence du virus reste faible ou stable, les variétés actuelles, dotées d’un ou deux gènes de résistance, peuvent encore offrir une protection satisfaisante ainsi que d’excellentes performances.

En revanche, dans les zones à forte pression ou exposées à une plus grande incertitude épidémiologique, l’empilement de trois gènes constitue une sécurité supplémentaire, en apportant davantage de stabilité et de fiabilité en production.

À l’avenir, l’empilement de gènes de résistance ira-t-il encore plus loin ?

Frank :
Oui, cette approche va continuer à évoluer. L’intégration de trois gènes représente une avancée majeure, mais ce n’est pas une finalité. Nous travaillons déjà sur de nouvelles combinaisons pour renforcer encore la durabilité des résistances à long terme.